本會現任(第六屆)董事會由董事十七人、監察人五人組成，董事互選一人為董事長、監察人互選一人為常務監察人，任期每屆三年。

董事席次依捐助比例，除捐助章程明定之教育部主管國際及兩岸事務之政務次長、高等教育司司長、技術及職業教育司司長、國際及兩岸教育司司長等四人為本會當然董事，另有五席官派董事席次，由教育部指派適當人選擔任之。其餘八席則自本會所有捐贈校校長中，依類別數目由前一屆董事選聘公立一般大學二人、私立一般大學二人、公立技職校院二人、私立技職校院二人擔任。

監察人席次，除教育部指派具會計或財務專業一人為本會當然監察人，其餘四席則自本會所有捐贈校校長中，依類別數目由前一屆監察人選聘公立一般大學一人、私立一般大學一人、公立技職校院一人、私立技職校院一人擔任。

董事會之選舉皆依本會「董事(長)與(常務)監察人遴選辦法」辦理。